Nastavak delatnosti bivšeg Jugoslovenskog centra za kristalografiju na teritoriji Republike Srbije organizovan je kroz rad Srpskog kristalografskog društva (SKD). Osnivačka skupština SKD održana je 7. maja 1992. godine u Svečanoj sali Rudarsko-geološkog fakulteta Univerziteta u Beogradu. Za prvog predsednika SKD izabran je Bela Ribar, za potpredsednika Ilija Krstanović, a za sekretara Ljiljana Karanović. Za članove Predsedništva izabrani su Bogdan Prelesnik, Slobodanka Stanković, Svetislav Janjić i Dobrica Stojanović.
Prva Konferencija SKD održana je 1992. godine u Beogradu. Sledeće godine SKD je primljeno u Internacionalnu uniju za kristalografiju (IUCr) na 16. Kongresu IUCr u Pekingu u Kini. Između II i III Konferencije, SKD je postao član i Evropske kristalografske asocijacije (ECA). Slobodanka Stanković, predsednica SKD u periodu od 1995. do 2004. godine, prisustvovala je kao delegat SKD na Kongresu u Kini i na sednici ECA u Drezdenu u Nemačkoj.
U istom periodu Dejan Poleti je prikupio i poslao podatke o svim članovima SKD za IX izdanje Svetskog imenika kristalografa. Bilo ih je 34 te 1993. godine.
Svake godine SKD organizuje konferencije i poziva kristalografe iz inostranstva da održe plenarna predavanja. U radu konferencije učestvuju i mladi kristalografi kako iz zemlje tako i iz inostranstva što je važno za razvoj kristalografije u Srbiji. Do 2015 je održana ukupno 21 konferencija, na kojima je saopšteno 65 plenarnih predavanja, 426 usmenih izlaganja i 134 postera. Konferencije SKD organizovane su i održane u gradovima: I/1992 Beograd, II/1993 Beograd, III/1994 Novi Sad, IV/1995 Vrnjačka Banja, V/1996 Palić, VI/1997 Sokobanja, VII/1998 Vrnjačka Banja, VIII/2000 Kragujevac, IX/2001 Novi Sad, X/2002 Sokobanja, XI/2003 Oplenac, XII/2004 Kragujevac, XIII/2006 Novi Sad, XIV/2007 Vršac, XV/2008 D. Milanovac, XVI/2009 Divčibare, XVII/2010 Ivanjica, XVIII/2011 Andrevlje, XIX/2012 Bela Crkva, XX/2013 Avala, XXI/2014 Užice. Pre održavanja konferencije, štampa se publikacija koja sadrži izvode svih radova na srpskom i engleskom jeziku. Finansijska sredstva za održavanje konferencije i članarinu IUCr delimično pokriva nadležno ministarstvo Republike Srbije kao pokrovitelj društva.
Danas, u okviru SKD, deluje nekoliko grupa kristalografa na univerzitetima (Beograd, Novi Sad, Kragujevac) i u nekoliko nezavisnih kristalografskih laboratorija Instituta za nuklearne nauke „Vinča“. Kristalografske istraživačke grupe razvile su se osim uz mineralogiju, i uz hemiju, fiziku i nauku o materijalima. Kratak prikaz aktivnosti kristalografa u Srbiji pod nazivom „Crystallography in Serbia“ objavljen je u IUCr Newsletter, (IUCr Newsletter 2011, sv. 19, str. 17) kao deo prezentacije o razvoju kristalografije u 14 zemalja južne Evrope. Generalna Skupština UN proglasila je 2014. godinu internacionalnom godinom kristalografije i tim povodom je objavljen članak „Kristalografija u Srbiji” (XXI Konferencija SKD, Užice, 12.6–14.6. 2014., Izvodi radova, str. 2–14) u kom je dat kratak istorijat i sadašnje stanje kristalografije u Srbiji.